Оптимизация работы NWChem с Infiniband

Программа NWChem — популярный пакет вычислительной химии на суперкомпьютерах с кластерной архитектурой.

Пакет не использует MPI для организации параллельных вычислений, а использует собственный загрузчик и библиотеку межпроцессного обмена. Поэтому возникают некоторые трудности при настройке работы программы с менеджерами ресурсов кластера (SLURM, Torque).

Менеджер вылеляет узлы для задачи, а потом следует запустить программу на этих ресурсах ее собственным загрузчиком, предварительно преобразовав список узлов в соответствующий формат.

Использование 1Гбит Ethernet для работы NWChem в параллельном режиме на современных кластерах неэффективно, значительно лучшие результаты дает использование сети передачи данных Infiniband в режимах TCP и TCP-RDMA подобно тому, как это делается для GAMESS.